Vývoj nových molekulárně biologických metod detekce putrescin produkujících bakterií

Abstract

Předložená dizertační práce se zabývá vývojem nových molekulárně biologických metod detekce putrescin produkujících technologicky relevantních mikroorganizmů. Zabývá se možnostmi detekce mikrobiálních producentů putrescinu metodami molekulární biologie, zejména pak vývojem polymerázové řetězové reakce (PCR) určené k detekci těchto producentů. Putrescin může být u bakterií tvořen několika metabolickými drahami, v nichž je zahrnuta řada enzymů. Prozatím nebyla publikována žádná metoda pro detekci všech metabolických drah produkce putrescinu amplifikací odpovídajících genů pomocí PCR. V dizertační práci je popsán postup vytvoření takovéto molekulárně biologické metody - tedy metoda umožňující detekci klíčových genů zahrnutých v bakteriální produkci putrescinu. Byla vytvořena spolehlivá PCR metoda pro detekci a výzkum metabolizmu putrescinu u gramnegativních i grampozitivních bakterií. Výsledkem je vytvoření sedmi nových sad PCR primerů, které jsou určeny k detekci cílových genů. Tyto primery byly úspěšně testovány s 32 kmeny gramnegativních producentů putrescinu. Pro potřeby detekce a výzkumu metabolizmu putrescinu u grampozitivních kmenů, byla úspěšně testována a aplikována sada primerů publikovaná v předchozích výzkumech. Byla vytvořena a optimalizována PCR metoda s použitím těchto primerů. Jak sekvenační analýza, tak i výsledky HPLC potvrdily specifičnost navržené metody a nově navržených primerů. Nové primery byly navíc také úspěšně testovány pro použití v jiných variantách PCR, jako je například multiplex PCR nebo PCR s předchozí reverzní transkripcí.