Zřízení fakulty zaměřené na aplikovanou informatiku jako samostatné součásti Univerzity Tomáše Bati ve Zlíně je logickým vyústěním snah univerzity uplatnit se v oblasti informačních technologií. Fakulta aplikované informatiky (FAI) byla zřízena k 1. 1. 2006 transformací existujícího Institutu řízení procesů a aplikované informatiky (IRPI) při Fakultě technologické. Tento institut byl zřízen v první polovině roku 2004 a vznikl restrukturalizací Institutu informačních technologií. Základem zmiňovaných institutů byl Ústav (dříve katedra) automatizace a řídicí techniky, který na Fakultě technologické v té době existoval již více než 14 let (Katedra automatizace vznikla 1. 9. 1986).