Hudson 1.20 и ранее обычно создавал лишние директории внутри сборочной. Например, еси имя модуля в CVS "foo/bar", то прежде всего он создавал "foo/bar" и все файлы хранились уже внутри этой директории. С выключенной опцией больше таких ненужных директорий-посредников создаваться не будет.

Это влияет и на другие опции, например, архивацию артефактов - теперь вам нужно будет указать "build/foo.jar" вместо "foo/build/foo.jar".